Puedes matricularte de ambas. Otra cosa es que, si lo haces, los créditos de una de ellas no te computan a la hora de cubrir los requeridos en asignaturas optativas. Pero no es óbice para que las estudies juntas. Yo lo hice, porque considero indispensable para un estudiante de Filosofía el conocimiento de las dos.
Si lo que te propongo no es de tu gusto, piensa en qué ámbito de los estudios quieres profundizar. Si estás muy interesado en la época moderna o la medieval, harías bien en escoger el latín.